GitHub ประกาศรองรับกุญแจ U2F เมื่อผู้ใช้จัดการ repository ผ่านทาง SSH ทำให้แน่ใจได้ว่าคำสั่งนั้นมาจากผู้ใช้จริง
ตัวโครงการ OpenSSH นั้นรองรับกุญแจ U2F มาตั้งแต่ปีที่แล้ว โดยขณะสร้างคู่กุญแจเพื่อล็อกอิน สามารถเลือกเป็นกุญแจแบบ ecdsa-sk หรือ ed25519-sk และผูกเข้ากับกุญแจ U2F ได้ ตอนนี้ทาง GitHub เปิดให้ผู้ใช้สามารถอัพโหลดกุญแจทั้งสองแบบเข้าไปยัง GitHub ได้
เมื่อผู้ใช้เปลี่ยนไปใช้กุญแจ SSH แบบผูกกับกุญแจ U2F แล้วเมื่อทำงานกับเซิร์ฟเวอร์ เช่น การ clone หรือ push ตัวคำสั่ง Git จะขอให้เอานิ้วแตะกุญแจ U2F เพื่อยืนยันความตั้งใจอีกครั้ง แนวทางนี้ทำให้ลดความเสี่ยงที่มัลแวร์จะดึงโค้ดหรือลบโค้ดบนเซิร์ฟเวอร์
ทาง GitHub ระบุว่าการรองรับฟีเจอร์นี้อาศัยความร่วมมือกับ Yubico ผู้ผลิตกุญแจ U2F รายใหญ่