นินเทนโดเปิดบริษัทลูกชื่อ Nintendo Systems โดยร่วมทุนกับบริษัทเกมมือถือ DeNA ของญี่ปุ่น ภารกิจของบริษัท Nintendo Systems จะให้บริการทางเทคนิค ระบบเซิร์ฟเวอร์ ระบบโครงสร้างพื้นฐานต่างๆ แก่เกมของนินเทนโดที่มีส่วนออนไลน์มากขึ้นเรื่อยๆ ในยุคหลัง
นินเทนโดมีความร่วมมือกับ DeNA มาตั้งแต่ปี 2015 โดย DeNA เข้ามาช่วยสนับสนุนเรื่องระบบเซิร์ฟเวอร์ให้เกมมือถือของนินเทนโดหลายๆ เกม เช่น Super Mario Run, Fire Emblem Heroes, Animal Crossing: Pocket Camp, Mario Kart Tour ส่วนนินเทนโดรับผิดชอบพัฒนาตัวเกมและเนื้อหาในเกม ซึ่งเป็นสิ่งที่นินเทนโดถนัด
โครงสร้างของ Nintendo Systems คือนินเทนโดถือหุ้น 80% และอีก 20% เป็นของ DeNA บริษัทมีทุนจดทะเบียน 5 พันล้านเยน และมี Tetsuya Sasaki อดีตผู้บริหารของ Nintendo EAD มานั่งเป็นซีอีโอ