นินเทนโดออกคำเตือน (เป็นภาษาญี่ปุ่น) ว่าเด็กอายุต่ำกว่า 6 ปีไม่ควรใช้เครื่อง Nintendo 3DS ในโหมดสามมิติ เนื่องจากพัฒนาการทางสายตายังเติบโตไม่เต็มที่ และการแสดงภาพซ้อนของโหมดสามมิติอาจมีผลกระทบต่อสายตาของเด็กได้
เครื่อง 3DS สามารถสั่งแสดงผลเป็นสองมิติได้ และผู้ปกครองสามารถ "ล็อค" ให้แสดงเฉพาะภาพสองมิติได้เช่นกัน