ถึงแม้แอปเปิลจะยังปล่อยอัพเกรด iOS 5 ให้ iPhone 3GS แต่เมื่อมีการทดลองติดตั้ง iOS 5 บน iPhone 3GS และใช้งานก็พบว่ามีบางฟังก์ชันได้หายไป โดยฟังก์ชันใหม่อย่าง การรวมทวิตเตอร์เข้ากับระบบปฏิบัติการ, การปรับปรุงการแจ้งเตือนผู้ใช้, Newsstand, การเพิ่มฟังก์ชันบน Safari (ดูข่าวเก่า) ยังมีให้ใช้งาน แต่ฟังก์ชันปรับแต่งรูปภาพกับ tab bar บน Safari นั่นกลับไม่ปรากฏบน iPhone 3GS
ข้อจำกัดทางด้านฟังก์ชันและคุณสมบัตินี้เคยเกิดขึ้นแล้วในตอนที่แอปเปิลปล่อย iOS 4 ให้ iPhone 3G และท้ายสุดแอปเปิลได้ตัดสินใจหยุดการสนับสนุน iPhone 3G เมื่อต้นปี (ไม่มีการอัพเดตตั้งแต่ iOS 4.2.1 เป็นต้นมา)
ใครสนใจการทดลองลงและใช้งาน iOS 5 บน iPhone 3GS ก็เชิญชมคลิปวีดีโอได้ที่ท้ายข่าว