มีรายงานว่าอินเทลกำลังเริ่มย้ายมาตรฐาน Thunderbolt มาอยู่บนโปรโตคอลของ PCI Express 3.0 แล้ว โดยจะสามารถเพิ่มความเร็วให้กับ Thunderbolt ได้มากกว่าเดิมที่ใช้ PCIe 2.0 อยู่อีกเท่าตัว ไม่ว่าอย่างไรก็ตามอินเทลยังไม่สามารถบอกได้ว่าเราจะเริ่มเห็น Thunderbolt ใหม่นี้ได้เมื่อไหร่
PCIe 3.0 มีความเร็วในการรับส่ง raw data ได้มากกว่า PCIe 2.0 ถึง 60% เพิ่มจาก 5 gigatransfers per second (GT/s) มาเป็น 8 GT/s ในขณะที่ต้องการ overhead ในการรับส่งข้อมูลน้อยลงกว่าเดิมมาก
แม้ว่าสินค้าต่าง ๆ ของอินเทลจะเริ่มรองรับ PCIe 3.0 แล้วก็ตาม แต่การที่จะเปลี่ยนมาตรฐาน Thunderbolt มาเป็น PCIe 3.0 แล้วให้ผู้ผลิตรายอื่น ๆ เปลี่ยนมาใช้มาตรฐานใหม่ต้องใช้เวลามากพอสมควร