ช่วงหลังๆ เราพบปัญหาด้านความปลอดภัยของ Java มากขึ้นเรื่อยๆ โดยกรณีล่าสุดคือมัลแวร์ Flashback ของแมคที่ใช้ช่องโหว่ของ Java บนแมค ส่งผลให้มีคนติดมัลแวร์ตัวนี้มากกว่า 600,000 ราย
ล่าสุด Matt Oh นักวิจัยด้านความปลอดภัยของ Microsoft Malware Protection Center ขึ้นพูดที่งานสัมมนาด้านความปลอดภัย Black Hat 2012 โดยระบุว่าสถิติของไมโครซอฟท์เองก็พบปัญหาด้านความปลอดภัยของ Java มากขึ้นเรื่อยๆ เช่นกัน แถมจุดเด่นของ Java เรื่องการทำงานข้ามแพลตฟอร์ม ก็กลายเป็นช่องโหว่ที่ผู้ประสงค์ร้ายสามารถเจาะได้ทั้งวินโดวส์-แมค-ยูนิกซ์พร้อมกันได้ในคราวเดียวอีกด้วย
คำแนะนำของ Matt Oh คือหมั่นอัพเดต Java อยู่เสมอ, ปิดการทำงานของ JRE ใน Control Panel ถ้าไม่ต้องใช้ และถ้าไม่จำเป็นจริงๆ ก็อาจถอนการติดตั้ง JRE ออกไปจากระบบเลยก็ได้เช่นกัน