โครงการ Internet.org ของ Facebook ดูจะเริ่มมีปัญหาซะแล้ว เมื่อองค์กรรณรงค์สิทธิด้านดิจิทัล 67 รายจากหลายประเทศ เข้าชื่อกันเขียนจดหมายเปิดผนึกถึง Mark Zuckerberg ว่ามีปัญหาหลายอย่างกับโครงการนี้
ประเด็นขัดแย้งหลักของ Internet.org คือ Facebook ใช้วิธีจับมือกับผู้ให้บริการมือถือในบางประเทศ ทำดีลพิเศษให้ลูกค้าเข้าถึงเว็บไซต์ "บางแห่ง" ได้ฟรี ตัวอย่างเว็บไซต์ที่เข้าข่ายคือ Facebook เอง, Wikipedia, BBC, Accuweather และเว็บท้องถิ่นบางแห่ง โดยมีเงื่อนไขว่าผู้ใช้ต้องติดตั้งแอพ Internet.org ด้วย
การจำกัดการเข้าถึงเฉพาะบางเว็บ เป็นเหตุทำให้เว็บและสตาร์ตอัพท้องถิ่นบางราย (โดยเฉพาะจากอินเดีย) ไม่พอใจ และมองว่าเป็นประเด็นการกีดกันการแข่งขันและการเข้าถึงอย่างเท่าเทียม (net neutrality)
Facebook รับทราบปัญหานี้ และเมื่อต้นเดือน Mark Zuckerberg ก็ออกมาแถลงว่า Internet.org จะเปิดรับเว็บไซต์อื่นๆ ด้วย อย่างไรก็ตาม เงื่อนไขการเปิดรับเว็บไซต์กลับยิ่งสร้างปัญหา เพราะข้อมูลจะต้องวิ่งผ่านพร็อกซีของ Internet.org, ตัดเนื้อหาขนาดใหญ่อย่างวิดีโอ/จาวาสคริปต์ออกไปทั้งหมด และไม่รองรับเว็บที่เป็น HTTPS จึงอาจก่อให้เกิดปัญหาความปลอดภัย-ความเป็นส่วนตัว
นอกจากนี้ยังมีประเด็นว่า Facebook โฆษณาว่า Internet.org คือ "บริการอินเทอร์เน็ตฟรี" ซึ่งองค์กรบางรายมองว่าเป็นการโฆษณาเกินจริง เพราะบริการของ Internet.org จำกัดเฉพาะเว็บไซต์บางแห่งเท่านั้นที่ฟรีจริงๆ และประเด็นด้านสิทธิเสรีภาพในการแสดงออก เพราะการดึงทุกอย่างไปผ่านพร็อกซีของ Internet.org อาจเอื้อให้รัฐบาลของบางประเทศสั่งบล็อคเว็บบางเว็บได้ง่ายขึ้น
BBC ซึ่งเป็นหนึ่งในพันธมิตรของ Internet.org รายงานข่าวนี้ โดยให้ข้อมูลว่าเงื่อนไขการเข้าร่วมโครงการนั้นไม่ได้กำหนดให้พันธมิตรต้องส่งข้อมูลของผู้ใช้กลับไปให้ Facebook แต่อย่างใด