ไมโครซอฟท์มีชุดพัฒนา deep learning ของตัวเองชื่อ CNTK ที่ออกมาตั้งแต่เดือนมกราคม 2016 ล่าสุดไมโครซอฟท์อัพเกรดเป็นเวอร์ชัน 2.0 พร้อมเปลี่ยนชื่อมาใช้ชื่อเต็ม Microsoft Cognition Toolkit แทนชื่อย่อแล้ว
การเปลี่ยนแปลงสำคัญของเวอร์ชัน 2.0 คือการรองรับ Keras ไลบรารีด้าน neural network ยอดนิยมอีกตัวหนึ่ง (Keras เป็นของกูเกิล โดยอีกทีมที่แยกจาก TensorFlow และทำงานได้บนเฟรมเวิร์คหลายตัว เช่น TensorFlow, Theano และล่าสุดคือ CNTK 2.0 ที่ตอนนี้ยังมีสถานะเป็นรุ่นพรีวิว)
ฟีเจอร์ใหม่อย่างอื่นคือรองรับ Java Binding ผ่าน API ส่งผลให้ทำงานร่วมกับ Apache Spark ได้ดีขึ้น, Model Compression หรือการลดขนาดโมเดลที่คำนวณลง (ลดความแม่นยำของทศนิยมลง) สำหรับงานที่ต้องการความเร็วมากกว่าความแม่นยำ, รองรับการทำงานร่วมกับ NVIDIA Volta, ปรับปรุงประสิทธิภาพการทำงาน ซึ่งไมโครซอฟท์คุยว่าทำงานเร็วกว่าคู่แข่งรายอื่นๆ ไม่ว่าจะเป็น Caffe, MxNet, Torch, TensorFlow